Pod klucze HKLM:
Hardware - zawiera konfigurację sprzętu systemowego; dane zawarte w tym kluczu są podczas każdego uruchomienia systemu zbierane przez program NTDETECT i przekazywane do jądra systemu po jego uruchomieniu.
Sam - zawiera informacje o lokalnych i domenowych kontach, takie jak hasła czy definicje grup; tego klucza nie może odczytać żaden użytkownik, nawet administrator, ponieważ dane zapisane w nim są w formie zaszyfrowanej.
Security - zawiera polisy użytkownika i grupy, np. uprawnienia do zdalnego dostępu; również ten klucz jest zaszyfrowany.
Software - zawiera informacje konfiguracyjne wszystkich aplikacji, które korzystają z rejestru, informacje dotyczą wszystkich użytkowników którzy zalogują się do systemu.
System - zawiera główne dane dotyczące konfiguracji systemu, np. partycja na której został zainstalowany. Najważniejszy jest klucz
CurrentControlSet - zawierający opis profilu konfiguracji systemu wykorzystywany w trakcie bieżącej sesji.
ControlSet - zawiera ostatnią dobrą konfigurację, z której udało się poprawnie uruchomić system.
Opis konfiguracji systemu obejmuje:
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control – zawiera ustawienia sieci, protokoły komunikacyjne, system plików, mapowanie klawiatury, konfigurację Plug&Play, rodzaj systemu i inne;
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Enum – enumeracja – przypisywanie do identyfikatorów wykorzystywanych przez system wszystkich urządzeń w systemie;
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services – zawiera opis wszystkich usług systemowych i ich parametry konfiguracyjne; jest to jedyne miejsce w rejestrze, które pozwala uzyskać pełną kontrolę nad parametrami uruchamianych usług.
HKEY_USERS - profile wszystkich użytkowników Zawiera osobne klucze dla każdego użytkownika dysponującego kontem lokalnym w systemie – zgodnie z opisem w HKCU. Klucz DEFAULT zawiera ustawienia, których używa konto SYSTEM. Pozostałe konta są identyfikowane przez numeryczną wartość SID (Security Identifier) i odpowiadają profilom poszczególnych użytkowników.
HKEY_CURRENT_CONFIG - profil sprzętowy Jest to gałąź, która jest ściśle powiązana z kluczem
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Hardware\Profiles\Current, zawierającym dane konfiguracyjne aktualnie wykorzystywanego profilu sprzętowego. Są tu przechowywane tylko informacje różniące się od domyślnych ustawień zawartych w kluczach Software i System. Większość zawartych tu ustawień profilu można modyfikować poprzez Panel Sterowania (Usługi, Menadżer urządzeń, System).